我国自1985年实施出口退税政策以来，出口退税政策多次发生重大变化，1988年明确“征多少退多少，不征不退和彻底退税”的原则。1994年税制改革，颁布了《出口货物退（免）税管理办法》，重申了对出口商品实行整体税负为零的零税率政策。1995年将出口退税率调整为10%、14%，1996年下调为3%、6%、9%，1998—1999年间，为鼓励出口，分别提高到5%、13%、15%、17%等四个档次。2003年10月国家颁布了《关于调整出口货物退税率的通知》，决定对现行出口货物增值税退税率进行结构性调整。从2004年开始，根据出口商品的不同，将出口退税率调整为5%、8%、11%、13%、17%五档。2005年以来，我国外贸顺差增长明显，对人民币汇率升值产生了较大的压力，产生了“流动性过剩”、“资产价格持续攀升”等问题。由于出口贸易的持续增长，中国的出口商品在国际市场上，也经受起愈来愈多的反补贴、反倾销调查，国际贸易纠纷不断升级。2005年，我国分期分批降低和取消了部分“高耗能、高污染、资源性”产品的出口退税率，同时适当降低了纺织品等容易引起贸易摩擦商品的出口退税率，调高了重大技术装备、IT产品和生物医药产品等高新技术、高附加值产品的出口退税率。2007年6月，为了进一步抑制出口贸易顺差的过快加大，缓解出口增速过盛带来的国际舆论压力，抑制高耗能、高污染和资源消耗型的“两高一资”产品出口，优化出口商品结构，推动外贸增长方式的转变和减缓顺差增长速度，我国发布了《财政部国家税务总局关于调低部分商品出口退税率的通知》，通知规定，自2007年7月1日期，调整部分商品的出口退税政策。经过这次调整，出口退税率变为5%、9%、11%、13%和17%五档。2008年至今，我国出口退税税率已有多次调增，很多出口产品的退税率与征税率持平，提高幅度非常高。
（二）我国出口退税政策实施过程中存在的主要问题
虽然从实践来看，我国的出口退税长期以来在我国出口经济发展和改革开放中发挥了比较积极的作用，产生了较好的制度效应，但随着国际经济的大形势和我国加入WTO后所面临的问题，我国现行的出口退税的弊端仍不能忽视。主要是：
1．出口退税率不稳定
经过1994年出口退税制度的彻底改革，我国开始实施征多少退多少的全额出口退税制度，综合退税率为16.63%。1995年，迫于出口退税额的过重财政压力，我国开始降低出口退税率。1998年，在亚洲金融危机的不利环境下，为促进我国出口贸易的增长，降低不利因素的冲击，中央政府逐步按照产品行业提高出口退税率，纺织服装、机电产品和高新技术产品实现了出口的零税率，退税率达到了17%，全部出口产品综合退税率大概为巧%。2004年后，我国开始下调“两高一资”型出口产品和一些劳动密集型产品的出口退税率，综合退税率为9.80rk。2008年8月开始，政府先后七次上调出口退税率，综合退税率约为12.4%。
出口退税率的调整对于国家实行税收宏观调控出口贸易增长具有一定的政策意义，但过于频繁的调整对会影响到出口企业的积极性以及对于出口退税率调整的重视程度。出口退税率的不稳定，不利于建立稳定的、可预见的贸易制度环境，对我国出口企业的运作产生不确定性。近年来，国际投资者一直将政策不稳定作为影响我国投资环境的首要因素，出口退税率的频繁调整无疑是影响我国外贸制度的一个重要变量，因此，也恶化了我国的投资环境。
2．出口退税未足额
自2008年8月起，我国已经七次提高出口退税率，2009年，我国综合退税率只有12.4%。出口退税未足额有着多重负面影响。首先，退税不足额违背了《增值税暂行条例》关于出口货物增值税率为零的规定。其次，出口退税不足额削弱了我国出口的国际竞争力。特别是面临全球金融危机的冲击，外需严重萎缩，国际市场竞争更为激烈，我国主要竞争对手汇率大幅贬值，削弱了我国出口的相对竞争力。在人民币汇率难以贬值、加入世界贸易组织后不能采取出口补贴措施的新形势下，出口退税不足额令我国出口增长在严峻的形势下雪上加霜，出口足额退税的重要意义更为突显。最后，出口退税不足额不利于加工贸易的转型升级。对进料加工贸易国产料件退税不足额，而且一直对来料加工所用的国产料件不予出口退税，导致来料加工贸易的国内增值率远远低于进料加工贸易。这导致两方面的扭曲，一是加工贸易企业可能转向使用进口料件，从而降低加工贸易的增值率，大大削弱加工贸易对国内产业的带动作用，不利于推动工业化进程。二是加剧国产料件的“境外一日游”现象，由此导致大量的无效物流成本，造成了极大的社会资源浪费，同时也加剧了我国交通运输紧张状况。建立保税物流园区后，部分“境外一日游”转变为经保税物流园区的“境内一日游”，但其对成本的增加以及社会资源的浪费，仍然十分严重。
3．中央与地方在出口退税中的分担机制不合理
2004年出台了出口退税超基数分担机制，即在超过基年出口退税额中，中央与地方政府按比例分担退税责任的政策。最早确定中央政府承担75%，地方政府承担25%。但出口地政府要承担全部的出口退税额，而产品生产上游地政府却无需负担，导致出口地政府税收职权不相符，故而在日后调整中，地方分担的比例降到7.5%，这一比例执行至今。这种出口退税分担机制，目的是使地方政府在出口产业中获得的增值税收入一般多于其退还的出口退税负担，获得增值税权利与退还出口退税职责的不对等，使地方政府更有动力发展出口产业，从而促进出口贸易的增长。
出口退税超基数共同负担给地方财政带来了压力并且分布不均。出口量大的地区多数是经济比较发达的地区，新增出口退税的财政负担也主要由这些地区的财政承担；外贸企业出口集中地区，由于外贸企业多采取收购出口方式，使这些地方财政要承担外地货源的出口退税，造成出口退税增量很大；对于出口增幅特别快的地区，由于出口退税基数量定较低，使新增超过基数部分只能由地方政府承担，进一步增重地区财政负担。地方省级财政又不能根据下级地方财政的状况以及出口实际情况制定有差异的分配办法，而是统一采取有地方各级财政分担7.5%的出口退税指标，将出口退税逐层下放，势必会导致新欠退税。共同负担出口退税的办法使得地方财政压力不均，易导致地方保护主义的出现。因为出口产品的出口地与货源地不统一，增值税的纳税地区和退税地区不一样，大比例从外地采购出口越多的地方，承担的退税负担就越重。导致出口量大的地方限制本地企业出口料件为外地采购的商品，人为加剧地方保护和市场分割的情况，并将出口地的外贸公司直接移至货源地区，由货源地区的政府负责退还出口退税。因此，中央和地方财政共同负担出口退税办法可能抑制地方政府支持出口的积极性，影响外贸出口的持续增长。也有可能造成各地政府直接或间接设置退税壁垒，导致市场分割；可能由于担心退税负担，地方政府开始干预外贸企业的正常发展，对一些新增的出口企业投资不予支持，导致流通性外贸公司经营权审批受阻。
4．出口退税有失公平
当前我国出口退税采取三种方法:“先征后退”法，“免、抵、退”法和“免税”法。“先征后退”法主要在外贸企业或其他规定企业中运用。这种办法指出，出口商品在生产（供货）环节按照法规征收增值税、消费税，货物出口后，有收购出口的企业向其主管出口退税的税务部门申请办理出口商品退税事宜。“免、抵、退”法针对的对象是生产企业自营或者委托出口的增值税课税商品，从2002年开始，对生产企业自营或者委托出口的增值税课税商品全面执行该办法。“免税”法是指对最后一道环节免税（增值税），进项税额不予抵扣也不予以退还的办法。这三种办法对于不用贸易方式的出口企业的影响各异，只是各企业遭受不公平的出口退税待遇。“先征后退”法的纳税个体，只有在出口商品办理完相关出口手续后，方可申请出口退税，手续较为复杂，时间流程较长，增长了纳税人的资金流动周期。“免抵退”法的纳税人出口的商品可以及时得到退税，有利于提高纳税人的资金流动运转速度。而最后一种方法使得纳税人无法满足全额退税，提高了出口商品的成本。出口退税办法对于三种不同的贸易方式出口的影响还表现在:一般贸易税收负担最重，且要承担全部征退税率差，受出口退税率调整影响较为明显；进料加工贸易税收负担较轻，承担国产料件和加工增值部分的征退税率差，所受影响次之；而来料加工贸易税收负担中等，但由于不征不退，因此不会受到出口退税率调整变化的影响。出口退税率的调整一起的贸易方式之间的税负不平，不利于鼓励加工贸易企业使用国产料件，并有可能有事企业高进低出，即抬高进口料件价格，降低出口产品价格，以便减少应缴增值税和所得税的税额。
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