纵观出口退税政策的发展，每一个阶段都有其变更特点，使其不断地完整，完善。我国加入WTO以来，外贸出口持续较好的增长势头，出口退税政策作为我国重要的宏观调控手段，在发挥其作用的同时，其制度本身存在的缺陷以及实施过程中的不完善也逐渐显现出来，对出口退税政策的执行效果大打折扣。
1.出口退税制度存在的问题。从出口退税政策的发展可以看出，每个阶段的变更都是由制度本身与当时的贸易发展不相适应引起的。结合我国当今进出口贸易的发展，我国出口退税制度存在着如下的不足：
首先，出口退税率制定不合理。出口退税政策作用的发挥主要依靠调整退税率来调整我国的对外贸易结构。在我国对外贸易大幅度增长的形势下，一些产品的退税率偏高导致巨大的出口退税额，从而加重了国家和地方政府的财政负担，影响了出口退税款的及时退还；同时，对于同一类可替代产品，出口退税率较高的品种必定成为出口企业的首选，因此会造成出口产品结构失调。因此，作为国家宏观调控重要手段的出口退税政策，不够合理的退税率不但不利于优化我国的对外贸易结构，甚至起到严重的负面效应。如从2006年直至2007年年初，国家一再降低钢材的出口退税率，甚至有降至零的趋势，就是源于我国钢材出口激增，现行出口退税率已经不适应此时的出口形势，不但不能控制我国能源的出口，反而一定的出口退税率再加上高额的出口利润在一定程度上刺激了钢材的出口，使得出口退税政策的实施事与愿违。严重的阻碍了其效用的发挥。
其次，出口退税指标制存在不合理。在经历了出口退税负担体制的多次变更后，中央和地方的分担比例相对稳定，在此基础上，我国的出口退税采取指标制，由中央按比例分配给地方。首先，对于总体指标来说，出口退税关系着财政预算和财政体制，我国对外贸易扩大的成果也最直接的体现在财政状况上。据了解：我国现行的退税数额是根据当年的财政状况预算安排的，而预算具有“事先性”，退多退少是由国家当年的财力决定，并通过计划额度形式下达，而不是根据出口的实际需要。（注2）因此，在实际操作中，退税指标在总量上要落后于外贸的发展速度。其次，对于地方指标来说，在结构上出现了出口口岸地区额度的分配不均，造成大量拖欠退税款，这样必然引起企业资金周转困难，大大增加了企业的财务成本，进而影响到企业的对外贸易发展，与此同时，财政积累风险加大并严重损害了政府的信誉。由此引起的一系列负面影响极大的损害了出口退税政策实施的效果。
2.出口退税实施存在的问题。一项政策的实施效果不仅取决于制度本身的合理性和完整性，还取决于在实施的过程中各相关方的执行能力以及硬件配备设施。
首先，税收管理体系征、退脱节。近年来，虽然我国对出口退税的管理要求、配备的管理人员和已经达到的管理水平都不断得到加强，但由于长期以来我国的出口退税管理一直存在征、退脱节，而且较高要求的出口退税管理制度是建立在较低水平的税收征管基础之上，现实的税收征管水平还不能与较高的出口退税要求相适应。使得征退衔接上不够到位，征税部门与退税部门各自为政的情况还在一定程度上存在。导致一方面退税部门在人力有限条件下，需要掌握了解的企业相关情况得不到及时的配合调查与反馈，另一方面征退双方情况互不了解，业务链条过程控制作用难以有效发挥，征税环节的问题层层转移到退税环节而不被发现，骗税行为转向出口货物的征税环节，使骗税行为更加具有隐蔽性，给加强退税管理造成了巨大的困难。除此之外，由于征、退环节的税收管理分属征管部门与退税管理部门，使得企业实行免、抵、退方法后既要由征税部门办理免、抵手续，又要由退税部门办理退税手续，征、退部门操作上的一系列衔接手续也相当麻烦。从而严重影响了办理出口退税的效率。
其次，硬件设备较为落后。有些地方的退税管理信息系统与征管信息系统以及防伪税控系统的信息共享甚至靠人工不定期读取，无法实时联接，征（免）税申报信息与专用发票认证稽核信息不能同步用于退税审核，使得每月退税审核周期不能进一步前移和缩短，难以为人工管理腾出足够时间。在进行管理的过程中，硬件设备也还没有达到资源的有效利用。全国各地税务部门之间以及与出口退税业务有关的海关、外汇管理、银行等各部门之间没有实现计算机联网，因而还无法充分运用征税、海关、外汇管理、银行等各部门的有效信息来对出口货物退税进行综合监控，以致利用假出口货物报关单、假出口货物专用税票和伪造税务机关复函来骗税的行为时有发生。我国普遍较为落后的硬件设备在出口退税的办理效率，而且极大的影响了退税的质量。
三、完善出口退税政策的措施建议
（一）调整出口退税率，优化产业结构
出口退税率的不合理势必会影响其作用的发挥，因此，要结合我国当前的国情以及对外贸易发展的水平来制定适当的出口退税率。我国一直以来都以出口传统产品为主，而这些大多都属资源、能源类产品且高耗能、高污染、低附加值。虽然出口市场较好，但不利于我国走可持续发展道路，所以，要放眼未来，优化产业结构。
近年来，我国多次调整出口退税率，鼓励出口科技含量高、耗能低、污染小的低成本高收益产品，进一步优化我国的出口贸易结构。如2006年9月15日执行的由国家民改委、商务部、海关总署、国家税务总局五部门联合发出关于调整部分出口商品的出口退税率的通知。这次调整，对重大技术装备、部分IT产品和生物医药产品以及部分国家产业政策鼓励出口的高科技产品等，出口退税率由13%提高到17%；部分以农产品为原料的加工品，出口退税率由5%或11%提高到13%；纺织、服装等高污染产品，下调2个百分点为11%，可见，国家利用出口退税率的提高来引导出口贸易的走向。
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