从总体上来看，造成中小企业资金短缺、融资困难的原因是错综复杂的，但从根本上说主要有企业、银行和政府三方面的原因。
中小企业自身的经营状况是其融资困难的深层次原因。
中小企业在发展过程中存在着不利于融资的因素。主要有：
1．大多数成立时间短，规模较小，自有资本偏少，其自身薄弱的积累不能满足其扩大再生产的需要。改革开放至今，我国的改革只经过了短短20多年的时间，无论管理经验，还是资金的积累都显得不足。
许多中小企业的自有资本偏少，抵御风险的能力很差。即使在美国这样的国家，银行在对中小企业融资存在的问题评估是，仍把企业自有资本不足作为首要问题，其次才是经营、财务、收益等方面的问题，至于我国银行在单独面临这些自有资本偏少的企业的经营风险时，不得不采取较为谨慎的对策和措施。
２、经营机制落后，管理不善，责任约束弱，给银行贷款造成困难。资料表明，中小企业效益差的原因很大程度上是由于经营者的管理不善。据《经济参考报》1998年７月17日报道，在有关部门对包头市84户非正常亏损的中小企业调查中发现，70％以上的亏损、破产是法人代表造成的。这说明，企业管理人员的行为不规范相当普遍，大都表现为公费吃喝、旅游、购买名贵汽车，盲目投资，转移国有资产，挪用公司资金，贪污公司财物，逃债、废债等。
上述种种，一方面是因为经营者不是所有者，缺乏为企业付出最大努力的动力。另一方面是由于企业没有真正的所有者，因而也就缺乏来自所有者对经营者的前途构成足够影响的监督和制约。在我国，地方政府或主管部门是企业所有权的代表，是经营者行为的监督者，由于监督者的利益与其监督行为没有直接联系，因而缺乏足够的激励去获取信息行使监督权。在监督不力的情况下，制约手段的作用也难免受到牵制。
3、财务管理水平低资信普遍不高。由于中小企业经营规模相对较小，组织结构变动快，财务制度、财务管理相对不规范、不稳定，与《贷款通则》有关条款所要求的贷款条件差距较大。部分中小企业缺乏足够的财务审计部门承认的财务报表和良好连续的经营业绩，银行对这些企业的组织结构、法人素质、经营业绩等背景资料难以准确把握，无疑增加了银行的审查、监管难度。银行与企业之间信息不对称。企业为了得到贷款，可能将经营信息对银行有所保留，结果导致银行承担过大的信用风险。一旦发生贷款纠纷，常常难以收回全部本利，银行采取提高信用风险控制系数的对策，这又可能导致贷款额的减少。
目前，中小企业的资信等级普遍不高。据调查，我国中小企业50％以上的财务管理不健全，信用等级60％以上都是3B或3B以下，抗风险能力较弱，而目前银行新增贷款80％集中在3A和2A类企业，因此，中小企业由于市场风险和信用风险较大，银行贷款受到限制。
4、中小企业贷款缺乏足够的抵押担保。随着金融改革力度的进一步加大，金融机构以传统的贷款业务扩张为主的管理模式逐渐向贷款安全性为主的管理方式转变。商业银行和其他金融机构除对少数大中型企业外，几乎不再发放依据客户信誉的信用贷款。在此情况下，中小企业如果没有足够的抵押物，也就很难得到贷款。中小企业分布于城乡各处，以小城镇居多。特别是民营企业、私营企业在经营发展过程中又大量挂靠集体、合资合作方式，不同程度地存在着机器设备等固定资产所有权、房屋等不动产所有权等产权明晰、法律障碍多．无法用作贷款抵押品。同时，中小企业所在地一般经济组织有限，难以找到符合银行要求的贷款担保人，贷款风险相应增大。与此同时，部分地区抵押品登记、公证部门收费过高、过多，人为地增加了企业的负担。
5 、对贷款需求的特点与银行的贷款原则相悖。大多数中小企业对贷款需求具有“急、频、少、险、高”的特点。即需求紧迫的流动资金贷款；贷款频率高；需求量少；项目本身稳定因素多，风险大；贷款管理成本高。因此银行在坚持“安全性、流动性、盈利性”的基础上，不得不对中小企业贷款产生犹豫。
(二)商业银行自身利益的考虑是中小企业融资困难的主要原因
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