1.产权关系不明晰。一是家族企业内部产权不清。在创业之初，企业规模小，产权界定问题未能引起家族成员的足够重视，大家艰苦创业，矛盾被激情所掩盖。随着企业的发展，规模的扩大，利润的增加，家族的亲情在金钱面前难以维持，内部冲突和矛盾不断。二是“红帽子”企业产权模糊。为减少发展成本，“红帽子”企业自找婆婆，寻挂靠单位，发展起来后却留下了产权模糊的隐患。有的与主管部门关系不清，出现权属之争；有的无形资产归属不明，形成隐患；有的虽通过兼并、联营、承包、股份制改造，但产权的归属却没有界定。
2.产权结构欠佳。我国民营企业的产权结构具有明显的封闭性和单极性。这种一元化的产权结构在民营企业初期具有其它形式无法替代的优越性，但随着企业的发展、规模的扩张，这种原始家族式的“创业结构”已成为制约企业换代升级的内在“瓶颈”，表现在：一是排斥外来投资。民营企业本身既无国有企业的积累机制，又无国有企业来自政府的贷款，而民营业主又担心别人投资会削弱自己的独占地位而对外排斥资本参股进入，加之对内拒绝在经营者和劳动者之间建立资产关系，导致资金不足，阻碍了民营企业有效规模化的发展，削弱了参与竞争的能力。二是阻碍私营企业的社会化。我国民营企业在这种特殊产权结构和生存环境下生存，其经营分散，经营理念封闭，协作意识差，与其他企业缺乏协调配套，同种产品重复生产，相互争夺市场，互相压价，恶性竞争，影响经济质量的提高。
3.所有权与经营权没有分离。大多数民营企业选择个体业主制、合伙制或股份合作制等产权制度形式，没有将所有权与经营权分离，导致投资者对经营负无限责任，投资风险大，使民营企业的持续稳定发展受到妨碍。
（二）管理问题
1.管理不科学。民营企业缺乏科学的法人治理结构，普遍采用家长式管理模式，管理体制主要表现为“家族”和“亲缘化”特征，实行集权化领导、专制式决策，经营者行为不受任何人监督。这种管理体制适应了初创的需要，但是随着企业的发展，家长式管理由于缺乏科学的决策体系和“纠偏”机制，民营企业家的局限性、随意性往往易导致企业经营决策失误，这种管理模式已经不能适应企业发展的需要，成为了改革的障碍。
2.管理不规范。一是制度不健全。据有关方面统计，我国约有10%的民企没有任何文字章程。民营企业管理主要以人治为主。二是制度执行不力。制度的形同虚设是相当一部分民营企业的一大弊端。由于民营企业的家族式管理，使民营企业中大多数人是业主的亲戚或其他合资者的亲戚，业主不好打破情面，不能依法办事，不能公事公办。企业里的各种管理制度对一般职工是可行的，但对于他们只不过是一纸空文，根本不起什么约束作用。
（三）人才问题
由于民营企业观念落后、任人唯亲、人才的激励机制不健全，以及家族式管理，民营企业在人才资源利用方面具有局限性，压抑了家族外员工的创新意识和工作积极性，不利于高科技人才的引进，不利于决策信息的正常传递，不利于先进管理模式的引进，难于适应知识经济时代管理创新和技术创新的需要，严重地影响了企业素质的提高，制约了民营企业进一步发展。
1.企业决策者能力有限。随着民营企业的发展，企业决策者素质有了很大的提高。但是由于企业决策者大都是农民出身，大多数的经营者在政治觉悟、知识水平、管理能力、人格素养、法律意识及道德修养方面都存在不足，有相当一部分民营企业主文化程度低，缺乏经营现代企业的知识。在民营企业初创阶段，企业规模小，客观上对企业主要决策者的文化素质要求不高。但随着企业规模的扩张、产品技术含量的增大以及市场竞争的日趋复杂化，决策者仅靠对市场的感性了解和经验来驾驭企业必然会感到力不从心，由此造成决策盲目、质量低下、失误增加, 严重影响了企业的发展速度。
2.缺乏高水平管理人员。由于民营企业的家族式管理和任人唯亲的用人机制，民营企业重要岗位的管理人员主要是家族或准家族成员，这些人员缺乏完整的理论体系，在小的方面可能胜任有余，但一遇到重要的管理技术难题就很可能束手无策；而高水平管理人员害怕自己进入企业后不能充分发挥自身的能力，使自己的才能被埋没，并且民营企业的工资、福利制度对这些人员也没有吸引力，造成民营企业高水平管理人员缺乏。
3.劳动力素质不高。民营企业中的劳动力大部分是农村转移出的农民，自身文化素质不高，再加上民营企业家落后的“资本雇佣劳动力”观念，认为员工和企业的关系只是劳动力的雇佣关系，企业老板简单地把职工当作是实现自己企业目标和赚钱的工具，普遍缺乏培养企业员工的计划，造成劳动力素质低，制约了企业发展。
（四）竞争能力问题
我国民营企业普遍生产技术落后、创新能力差，产品质量不高，附加价值小，缺乏必要的市场竞争能力和抗风险能力，市场一旦风吹草动，经营就会陷入困境，出现亏损，甚至破产倒闭。据统计,我国民营企业的平均寿命只有2.9年。民营企业生命周期之所以这么短，其根本原因在于企业竞争能力不够。
1.生产技术落后，产品高科技含量低。民营企业除少数处于高新技术领域外，绝大部分分布在传统的劳动密集型产品领域，注定了企业不可能拥有高科技含量的生产设备和先进的生产技术，所生产的产品不仅品种单一，而且老产品多、模仿的产品多、低档次与低附加值的产品多，有些产品甚至连质量都不合格，更谈不上高科技含量的问题。因而缺乏占领国内市场和进军国外市场的能力，缺少外向型企业所具备的市场竞争能力。
2.企业规模小，抗风险能力弱。虽然有些民营企业已经发展成大企业，但大多数还是一些中小企业和个体私人企业，资本有限、规模不大，相对大型的国有企业特别是大型跨国集团，还是规模小、实力和抗风险能力弱。
3.增长方式粗放，自主创新能力不强。民营企业起步比较艰难，什么赚钱就干什么，实行“高投入、高消耗、高污染”为主要特征的粗放式的经营方式，不太注意资源的节约、可持续发展。另外民营企业的自主创新能力也十分薄弱。我国民营企业虽然数量众多，但拥有核心技术和品牌的却很少，大都属于中低端产品的加工制造企业，技术来源主要靠引进和模仿，贴牌生产的企业多，拥有自主品牌的企业少，产品技术含量和产品附加值普遍较低。“中国出口约8亿件衬衫，才能抵一架法国的空客380飞机”。商务部长薄熙来在2005 年5月为消除法国与欧盟对中国纺织品的恐惧而说的这句话，说明了我国制造业特别是纺织业缺乏自主创新的尴尬。
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