增值税是以增值额为计税依据的一种流转税，但现行营业税差额征税的现状及其发展趋势，使得营业税计税依据逐渐向增值型转变，营业税变成了既是营业税又具有增值税性质的混合税种。
②营业税差额征税的抵扣凭证逐渐具有增值税抵扣凭证的性质
实行营业税差额征税，必须从其他单位或个人取得完整、合法、有效凭证，方可在计算营业额时扣除支付的费用。因此，营业税差额征税的抵扣凭证已逐渐具备了增值税抵扣凭证的性质，不同的是增值税抵扣凭证更严格、统一和规范。
（2）营业税征收制度趋于复杂化，与“简税制”的原则相背离
现行营业税差额征税的政策规定已覆盖了营业税9个税目中的8个即：交通运输业、建筑业、邮电通信业、金融保险业、文化体育业、服务业、转让无形资产和销售不动产，不仅差额征税项目繁多，而且政策不断变化，使营业税征收制度趋于复杂化，营业税固有的“简便高效”特征受到淡化。
（3）弱化了营业税的主体地位
营业税作为地方财政收入的主体税种，其收入规模和增长幅度直接影响到地方财政收入的增长，在筹集资金、调节经济方面具有举足轻重的作用。营业税差额征税范围不断扩大，必然在某种程度上造成营业税收入规模的相对减少和增长速度的相对放慢，削弱了地方政府的调控经济能力，挫伤了地方政府的积极性，阻碍了社会经济健康、协调和可持续发展，弱化了营业税的主体地位。
（4）增大了税务机关征收成本和加大了征收管理难度
营业税征收制度的复杂化，一方面使纳税申报入库率下降，另一方面促使税务机关加强管理、强化稽查、完善保障体系：增加征收管理人员、增配征收管理装备。为此税务机关必然会增加日常征收、管理和稽查工作的费用支出，增大 了税务机关征收管理成本，同时，营业税征收制度的复杂化，必然对税务机关提出了更高要求，从而使征收管理难度不断加大。
2．将纳税人随价格向对方收取免征营业税的代收款项（基金）作为计税依据，造成营业税的一些优惠政策贯彻不到位。如汽车运输企业代交通征稽部门向旅客收取的公路建设基金，属免征营业税的范围，不应作为计税营业额征收营业税。
营业税计税依据不够科学合理，给营业税征收管理带来了严重的影响：一是增加征收管理的难度，增加了税收成本；二是给税收征收管理带来混乱，造成新的征收管理漏洞；三是弱化了营业税主体税种地位。
（三）纳税义务发生时间、纳税地点，没有体现“税制统一精简，易于操作”的特点
1．纳税义务发生时间存在多重确认标准，给税收操作增加难度。现行营业税征收制度对营业收入的确定标准有三个：一是基本原则。即《中华人民共和国营业税暂行条例》第九条规定“营业税的纳税义务发生时间，为纳税人收讫营业收入款项或者取得索取营业收入款项凭据的当天”；二是财务会计制度确认收入原则。即财税[2003]16号第五点“…预收性质的价款，以财务会计制度规定的收入确定时间为准”；三是其他原则。如银行贷款利息逾期180天的，其纳税义务发生时间为实际取得利息的当天；建筑业的纳税义务发生时间为工程价款结算的当天等。由于对不同劳务的纳税义务发生时间采取不同确认标准，使营业税征收管理制度复杂化，操作起来难度大。
2．纳税地点的多重确认标准，既造成营业税收入分配不合理，又不利于税收征收管理工作。现行营业税征收制度对纳税地点的确定标准有四个：一是劳务发生地原则。即《中华人民共和国营业税暂行条例》第十二条规定的“劳务发生地”原则；二是机构所在地原则。即《中华人民共和国营业税暂行条例》第十二条规定及财税[2003]16号第六点规定的“机构所在地原则”；三是独立计算盈亏单位所在地原则。即《中华人民共和国营业税暂行条例》第十二条规定的“中央铁路运营业务的地点为铁道部所在地北京”等。上述四种纳税地点的确定，只有“劳务发生地原则”符合税收归属权和利于税收征收管理，其他三种原则存在与劳务发生地及受益地不一致问题。以机构所在地为纳税地点，既不利于税源监控，又增加税收成本，并且违背了劳务发生地与税收受益地相适应的原则。如财税[2003]16号文件规定：将出租物品、设备等动产、设计、工程监理、调试、咨询等劳务营业税的纳税地点由“劳务发生地”改为“机构所在地”，违背了“劳务发生地与税收受益地相适应原则”，造成了税收收入从技术受让地区向技术输出地区转移，加剧了落后地区的财政困难。
综上所述，由于营业税在纳税义务发生地点上奉行“多重标准”原则，使营业税丧失其固有的“税制统一精简，易于操作”特点，不仅使营业税征收制度趋于繁琐，难以操作，造成了营业税收入在各级政府之间分配不合理的局面。
（四）税收优惠政策难以有效发挥调节经济的作用
税收优惠政策是根据国家一定时期的政治、经济、社会政策的需要，对生产经营活动的某些特殊情况给予部分或全部免征税款的照顾。现行的税收减免优惠政策既对国家扶持产业发展和稳定社会有积极的作用，也对涵养税源和实现经济的可持续发展具有重要的现实意义，但存在的问题难以有效发挥调节经济的作用。其主要体现在三个方面：
1．营业税减免口子过宽。现行营业税的减免政策除起征点和《中华人民共和国营业税暂行条例》规定的法定减免外，对具体的劳务（行为）项目、行业（个人）的特案减免和临时减免层出不穷。据统计，现行的营业税减免政策涉及除邮电通信业外的其他8个税目，减免税收政策累计多达50余个。虽然减免税对某些行业（个人）的发展起到了积极的扶持作用，但减免税口子过宽，减免税项目过多、过杂，一方面违背税收“法治和公平”的原则；另一方面也造成了税收征收管理的漏洞，给一些不法分子可乘之机。
2．审批程序繁琐，影响了政策执行。现行税收减免审批采取自下而上层层审核，自上而下逐级批准的程序，程序多、时间长，权限高度集中，不利于减免税优惠政策的及时落实和工作效率的提高，间接地影响了区域性投资的减少和整体经济增长的滞后。
3．重审批轻管理，负面影响严重。主要表现在国家和地区制定的减免税管理办法，过多地看重建立和完善减免税审批程序、资料保管和制度，却忽视了享受税收减免后的管理及对运行效果的调查和监控，客观上助长了企业的短期投机行为，不利于企业加强内部经济核算管理，减弱了减免税优惠的扶持作用。
（五）税收征管工作存在许多缺陷，与强调全面、协调、可持续的科学发展观不相适应。
1．税收征管环境与科学发展观不相适应
（1）下达收入任务脱离税源实际，动摇了依法治税的基础，极大地恶化征管环境。
当前，政府考核税务部门首要的指标，就是完成收入任务，一些地方从财政支出需要出发，简单地采取基数加增幅的方法，随意下达收入任务，给税务部门层层加码，有的任务严重脱离实际税源，使税务部门处在组织收入的高压状态。为了完成任务，税务部门把征管成效定格在微观的现实利益中，一切征管围绕收入转，在进度跟不上时，寅吃卯粮，在任务相对轻松时，则放水养鱼，贮备税源，出现越权缓交税款等违法行为，严重地冲击了依法治税目标，阻碍了正常的征管秩序。
（2）以权代法，以权压法，利用行政手段干预税收仍然存在，征管压力大。
一些地方以招商引资、发展地方经济为名，撇开税法，擅自出台违规涉税文件，乱开减免税口子，影响了税法的统一，导致税务部门有税收不上，造成国家税收大量流失；一些地方党政领导在税务部门清理陈欠、查处税收违法案件时，出面为违法人员说情，更有甚者以权力阻挠执法，致使一些本该从严处理的案件，不得不从轻处罚，甚至以补代罚，引发同一行业同一地区税负不公平，导致征管工作偏离法治公平的轨道。
（3）政务协作不到位，征管工作难以形成最佳合力。
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