由于改革开放的时间顺序大致是从沿海到内地，最先与商发生业务关系的多位沿海省份。与内地相比，沿海省份有着更为便捷的交通运输条件，原材料可以从直接从海上运来，产品生产完成之后又可以立刻从海上运到世界各地。减少了陆地的周转环节。而且由于沿海省份有国家给予的各种外资优惠政策，都使沿海省份成为加工贸易的主要所在地。近年来随着经济的发展，人民的生活水平与工资显著增长，劳动力成本有逐步提高的趋势，沿海各省劳动力逐渐出现结构性紧缺局面，“民工荒”时有发生。沿海加工贸易逐渐失去从前赖以生存的成本优势，随着具有丰富廉价劳动力资源的中西部地区的省份经济开放，生产企业会将生产制造环节转移到成本更低的新区位，使得加工贸易的区域分布逐渐向西部地区扩散。
二、当前我国加工贸易存在的问题
虽然我国加工贸易获得了较快的增长，较好的促进了经济发展，但是在迅速发展的背后，存在着诸多问题，如果不及时解决，将会对经济的可持续发展造成消极影响，同时，已经使我国的环境、资源等方面已经产生了危机。
（一）技术含量低、创新不足
我国加工贸易集中在低端产品和低技术环节。加工贸易出口产品仍以劳动密集型、低技术含量为主，高附加值、高技术含量的产品比重明显偏低。相当一部分加工贸易工艺落后，进入门槛低，创汇率低。国际市场上该类产品价格没有竞争力，市场需求越来越少。更有一部分加工贸易产品为高耗能源、高污染类产品，虽然有一定的外汇收入，但是却不利于我国经济可持续发展及加工贸易的良性发展。
（二）加工贸易结构不合理
虽然我国加工贸易企业数量与生产额获得很大发展，但存在结构不合理的情况，具体表现在两方面，分别是产业关联度与产业结构的不合理。
首先是加工贸易的产业关联度低，一定程度上制约本土企业的发展。
外资企业的技术、设备大多数都来自国外，相关配套设备也直接从国外采购，形成独立的生产主体，与国内企业的关联度低。而中国产业技术水平的落后，一方面使得国内配套企业生产的产品在质量和标准上很难达到加工贸易企业的要求，本土化程度不高，加工贸易企业主要依靠国外进口或少数外资配套企业生产的产品，阻碍了加工贸易企业向上游进行转移；另一方面，影响了跨国公司将更高技术水平和更大增值含量的加工制造环节转移到中国；再加上中国加工贸易企业技术消化、吸收能力的滞后，进一步阻碍了本土企业实现自身技术水平和产品档次的升级。加工装配产业是无根工业，国际经验表明，开展加工装配活动的国家和地区初期都是以低劳动力成本的比较优势占据加工装配环节，随着本地劳动力成本的逐渐上升，比较优势将逐渐丧失，最终不得不将该环节转移到劳动力成本相对更低的其他国家和地区。换言之，本地生产成本上升之日，也就是加工装配产业向外转移之时。如果不能在加工装配活动中获得技术溢出，不能将加工贸易的产业关联度大幅度扩展，不能培养出一支具有相当素养的产业大军，现时加工装配活动中所得到的收益将会随着加工产业向外转移在瞬间化为乌有。
其次是加工贸易产业结构不合理
随着模块化生产技术的革新，企业间和国际间的分工形式发生了很大变化，形成了全球性的生产网络。而以OEM 等代工生产方式为主发展起来的相当部分加工贸易企业，具有明显的全球价值链“嵌入”特征。其结果是产业结构出现了“微笑曲线”的形式 。外资企业控制产业链的两头，将利润率高的试制品开发、零部件生产、管理性营销、生产性服务等环节自己控制，而中间加工、组装留给国内。我国加工贸易走的是一条粗放型的发展道路，处于“微笑曲线”的下方。诸多数量的企业从事的是劳动密集型生产，资本密集型生产和技术密集型生产占有的比例较低。由于我国企业所参加的是加工贸易中的生产环节，并且自身的发展不全面，技术、管理等方面也存在问题，相比于参与产品设计研发和品牌营销的发达国家而言，产品增值率较低，其获得利润要低得多。而外商控制的产业链上下游，分别为技术与资本密集型产业和信息与管理密集型产业，其增值收益是国内加工贸易企业的十余倍。低下的产业技术水平，产品的组装等低端环节是我国加工制造的主要参与环节，没有高的技术含量，产品附带价值极低，角色仅仅是为外商提供产品的加工者、组装者和制造者。外资企业不可能将高端的科学技术作为在我国的投资转移技术，加工贸易的利益空间被大大的降低。
（三）污染环境，浪费资源
由于产业过度集中以及高耗能高污染企业的引进，造成了资源和能源的的大量浪费，另外，一些对环境破坏较为严重的产业如农药、化肥、染料、电镀等产业以加工贸易的形式进入我国，对生态环境造成严重的破坏。许多加工企业的污染较为严重，服装、制鞋占我国整个加工贸易业务量的50%以上。从整个加工流程来看，约有10%的加工贸易服装面料的染色、水洗加工环节是在国内完成，造成十分严重的水污染。其次，从加工贸易出口商品结构来看，多以能源、劳动密集型产品为主，其出口的盲目增长是以对自然资源的掠夺性开发为代价的，使得我国资源消耗得不到补偿和维护，从而使得环境进一步恶化。从进口来看，我国大量进口作为生产投入品的羊毛、合成纤维、铁矿砂、化工原料、原油等产品无一不是高能耗，尤其在资源利用率不高的现状下，大量的资源消耗会进一步加剧我国资源的短缺。我国能源消费世界排名第二，目前油、化工、钢坯钢材、建材、有色、电力等高能耗行业单位产品的能耗水平比世界同类行业高47%。我国温室气体排放总量已达世界第二位，面临巨大的温室气体减排压力。环境的生态承载力不断下降，恶化趋势加重，当今，可持续发展和生态文明已成为我国新的发展战略目标，而这些都严重威胁到战略目标的实现。
（四）区域布局不合理
我国加工贸易主要集中在东部地区，一方面快速发展的加工贸易促进了区域经济的发展,另一方面由于区域资源的过度消耗给当地的能源安全供应带来巨大的压力,同时环境的承受能力受到挑战。而中西部地区拥有大量的廉价资源与富余劳动力，由于本地缺少企业，大量的能源与资源无法就地利用，而要花费巨大的成本输送到东部，而大数量民工的跨省工作，也造成了人口异地管理的诸多问题，如每年冬季返乡的民工潮，这些都造成了资源与人力的浪费与地区发展的不平衡。加快产业从东部向西部转移，成为我国企业布局迫在眉睫的任务。
（五）贸易摩擦增加
加工贸易出口大多利用的是外商的出口渠道，出口数量和价格都是由外方控制，故一般不易遭受反倾销。但是由于连年的加工贸易顺差，也使我国加工贸易频频遭受贸易国的反倾销。这主要是因为我国的原材料、零部件主要来自于周边国家，而加工贸易成品的出口主要面向美国、日本、欧盟等发国家。因此贸易不平衡更加严重。特别是在国际金融危机之后，我国作为世界第三大贸易实体和第二大出口国，面临的贸易摩擦明显增加。贸易摩擦的领域已从货物向服务、知识产权和投资领域扩展；从家电、纺织品服装、鞋帽等转向新兴的钢铁、汽车、通讯设备、化工等产业。我国已连续十几年成为遭受反倾销调查最多的国家，涉案损失每年高达300亿400亿美元。全球对华反补贴调查不断增加，进入WTO争端解决机制的贸易争端增多，涉案金额猛增，国内企业蒙受了巨额损失。另一方面，加工贸易由于进入门槛低，投资少，技术含量低，只要有利可图，众多中小企业纷纷进入，导致行业供给增加，造成出口竞相压价，在国际市场形成量增价跌的态势。如2006年广东出口空调1843万台，价值26.8亿美元，出口平均价格为145美元/台，比2005年下跌6.2%，也是广东口岸1999 年空调形成规模出口以来的最低价格。因此，2004年10月以来，先后有特立尼达和多巴哥、美国以及土耳其等国家对我国出口空调展开反倾销调查。 由于加工贸易“大进大出”的特点，故招致反倾销调查产品的总金额都比较大。如欧盟对华皮鞋反倾销涉案金额7.3 亿美元，1200余家制鞋企业和400多万中国制鞋工人的生存遭遇威胁。
三、加工贸易存在问题的原因
对于加工贸易中存在的问题，我们必须详细分析，以便找到原因，予以解决，促进其良性发展。一般说来，有客观与主观两方面原因。