会计电算化除了软件对操作方面做了一定的内部控制设计以外，单位制定并严格操作管理制度，将会有效的保证会计软件的安全运行，同时也有利于内部控制制度的执行。
会计电算化操作应严格遵照会计业务和处理流程进行，会计电算化兄操作管理制度的内容主要是系统使用管理、上机操作规程、账务处理程序，这些规定都是为了保证会计电算化系统安全可靠的运行，保证所有进入会计电算化系统的数据真实有效。所以建立严格的计算机程序控制制度是单位应该重点关注的对象。
（二）严格保证计算机系统安全。
会计电算化系统的安全性问题，是一个综合的问题，需要硬件、网络、软件、人员相互协调，共同应对解决的问题。需要强化安全意识，做足预防管理。企业应该考虑多方面的因素。首先应该从构成电算化系统的硬件部分入手管理电算化系统的安全性，应该考虑意外断电、存储设备的安全等。其次应当从构成电算化系统的系统软件部分入手，保证系统软件正版有利于企业软件风险的防范，还有数据库选型要准确，对于计算机的病毒防御同样要考虑到位。再次就是从电算化系统的应用软件部分入手，要设置操作员权限和口令，要将数据实时备份，并且能做好数据恢复的工作。还有一些细节的问题需要把握，比方说对于数据文件格式的选取，款及软件错容性的选择，以及会计日志操作的必要。
无论多完善的会计电算化系统，只要是认为管理和认为操作的话，都有安全性的问题存在，所以我们不仅要考虑电算化软硬件等问题，还有重视在会计电算化系统中认为因素的影响，强化安全意识，做好预防管理，要建立健全会计电算化管理制度，还要对企业员工进行强化安全意识教育。管理信息化已经是大势所趋，会计电算化在会计行业中的应用越来越广阔，可以说会计电算化系统自从进入应用领域，就一直面临着安全性的问题，这是因为会计电算化的核算内容是企业非常重要的会计信息，因此保证会计信息的安全，是顺利实现会计电算化工作的重要前提。
（三）合理分工，加强组织控制
电算化会计的流程合理化，才能达到提高企业经济效益、增强企业竞争力。新形势下的电算化会计工作岗位已经没有了电算岗位和基本岗位之分，其工作职责涉及的范围更广，所以如何对企业的会计人员进行合理分工，对企业的组织加强控制，就成了一个需要考虑的问题。
企业需要健全组织控制，应通过部门的设置、人员的分工、岗位职责的制定以及权限的划分等形式进行控制。会计电算化之后的基本工作岗位如会计主管、出纳、会计核算、会计档案保管等岗位要和系统管理、操作、维护等工作岗位严格分开，每个岗位的人员只能按照所授予的权限对系统进行作业，不得超越权限接触系统，这个可以通过设置口令的方式实现。另外还需要建立操作规章，规定机器的使用规范和数据备份的要求。企业同样需要适当的职权分离。由于会计电算化只是和功能的相对集中，我们必须制定相应的组织和管理控制，明确职责分工，加强组织控制，职责分工首先是将电算化部门与用户部门的职责相分离，尽可能的保持不相容职能的分离，以及电算化部门内部的职责分离。
（四）加强会计档案管理
电算化会计档案管理作为企业的一项基础工作，应由电算化会计档案管理员专门进行负责保管。电算化会计档案通常是存储在磁性介质或者光盘上的，且在形成这些档案时应当准备双份，即采用“AB备份法”进行数据的备份，并且每份上都要注明形成档案时的时间和操作员姓名，存放在两个不同的地点，以防止地址或者火灾等意外情况引起整个会计电算化系统的毁灭与系统的不可恢复性。在保存这些档案时应当远离磁场，注意防潮、防尘等。对于由于磁性介质的损坏而使会计档案丢失，造成无可挽救的损失。还要注意的是，电算化会计档案与对应的财务软件版本应当保持一致。
并且在会计电算化档案管理员更换时，必须办理移交手续，编制会计电算化档案移交清册，列明应当移交的档案名称、编号、数量、起止年度、应保管期限、已保管期限等内容，移交会计电算化档案要由单位负责人监交，交接双方经办人和监交人要在移交清册上签字。
（五）加强单位内部审计
计算机系统在一方面确实为企业的经营治理带来便利，另一方面也给企业带来了风险。在计算机环境下，除了有意篡改或者伪造会计记录等认为的因素之外，又加入了计算机技术因素，所以出现了新的特有风险。这些风险包括信息系统的安全性得不到很好的保证，比方说对人员接触系统缺乏控制，数据的毁损和失窃，对外来入侵者和病毒入侵缺乏严密的防御。还有就是信息系统的数据处理不合逻辑。由于系统开发人员并非专业的业务人员，所以很难对业务全面而准确的理解，因此可能导致无法准确的反映业务的真实情况，最后导致治理和决策的失误。还有可靠性得不到保证。虽然计算机速度快准确率高，但是他毕竟不是人，在进行处理的时候不可避免的会发生问题，类似于计算机硬件、软件故障等。
所以通过电算化内部审计，可以发现各种控制手段的弊端，找出进一步改进的措施。在系统运行的各个环节，都应该有内审人员参与，定期你检查和测试电算化会计系统的工作情况，参与制定和监督执行管理相关管理制度，建议修改或选择会计软件。
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