手工会计系统的内部控制以人工控制实现。电算化会计系统的内部控制则具有人工控制与程序控制相结合的特点。电算化系统许多应用程序中包含了内部控制功能，这些程序化的内部控制的有效性取决于应用程序。如程序发生差错，由于人们对程序的依赖性以及程序运行的重复性，增加了差错反复发生的可能性，使得失效控制长期不被发现，从而使系统在特定方面发生错误或违规行为的可能性加大。
4、会计电算化信息系统缺乏交易处理痕迹
手工会计系统中严格的凭证制度，在会计电算化系统中逐渐减少或消失，凭证所起到的控制功能弱化，使部分交易几乎没有“痕迹”，给控制带来一定的难度。
5、会计电算化信息系统中会计信息存储电磁化
电算化系统下，原先会计业务处理过程的凭证、汇总表、分类表等书面档案资料被计算机自动生成的会计信息以电磁信号的形式存储在磁性介质中（如光盘、硬盘等），是肉眼不可见的，很容易被删除或篡改而不会留下痕迹；另外，电磁介质易受损坏，加大了会计信息丢失或毁坏的危险。
三、会计电算化下企业内部控制设计案例分析
（一）KY公司采购与付款内部会计控制
1、KY公司采购与付款内部会计控制案例叙述业人员
KY公司是医药制品公司，对生产所需的原材料除价格是主要的考虑因素之外，更为重要的是对原材料的质量要求。当KY公司生产所需的原材料需采购时，在原材料市场价格有较大变动或购买新的原材料品种，采购部门需重新确定供应商时，是通过招投标方式进行的。首先从采购部门建立的供应商档案中确定参加招投标会议的供应商（供应商必须是经国家药品食品监督管理局验收合格后颁发药品生产许可证的企业，这样的供应商生产的原材料应该符合国家医药行业的质量标准），通过比较产品性价比确定几家供应商，由KY公司的检验部门对待选供应商的原材料样本进行检验，KY公司除执行国家医药行业的质量标准外，也制定了本公司的质量标准，经检验后，采购部门从中确定质优价廉的供应商。采购部门与供应商签定购买合同；购买的原材料到达后再经检验部门进行抽检，出具检验单；仓库保管部门对数量、品种进行检验并出具入库单，财务部门审核及核对检验单、入库单、购货发票后登记明细帐；采购部门制定用款计划，财务部门根据用款计划筹备资金付款。 KY公司每月首先召开财务分析会议，对当月的财务情况进行分析，其中产品生产成本如果出现异常波动，排除市场价格等等因素后，若是因原材料质差价高造成的，在其后召开的由公司各职能部门参加的总经理扩大会议上对采购部门出现的问题进行问责，并与采购部门的经济利益挂钩。
2、KY公司采购与付款内部会计控制程序
本案例中的KY公司在采购与付款业务中的内控规定和做法有其符合财政部“【2008】7号文和财会【2010】11号文。 企业内部控制制度基本规范和引用指引。”中相关规定之处：
首先，KY公司在采购原材料过程中按照请购、审批、采购、验收、付款等规定的程序办理采购与付款业务；
第二，建立了采购与验收环节的管理制度，对采购方式确定、供应商选择、验收程序等作出了明确规定，确保采购过程的透明化；
第三，建立了供应商档案，充分了解和掌握供应商的信誉、供货能力等有关情况，采取由采购、使用等部门共同参与比质比价的程序；
第四，根据规定的验收制度和经批准的订单、合同等采购文件，由独立的验收部门对所购物品的品种、规格、数量、质量和其他相关内容进行验收，出具验收证明；
第五，财会部门在做帐务处理和办理付款业务时，对采购发票、结算凭证、验收证明等相关凭证的真实性、完整性、合法性及合规性进行严格审核；
第六，通过对职能部门的问责制度对采购与付款的内部控制进行监督检查。
（二）KY公司采购与付款内部会计控制的关键点
本案例中KY企业在采购与付款业务中的内控规定和做法也有其不符规定之处：KY公司虽然建立了采购与付款业务的岗位责任制，明确相关部门和岗位的职责、权限，但在该业务中，“询价与确定供应商”是两个不相容岗位但都由采购部门承担，这就存在舞弊的可能。虽然公司对职能部门有问责制度，但只能是事后的责任追究，而不是事前的风险防范与控制。 由于KY公司“采购与付款业务”的内部控制制度在制定时就存在失控点，在不相容岗位相互分离、制约和监督上存在先天不足，现有的内控制度在该业务执行过程中不相容岗位之间不能完全起到牵制和制衡的作用。因此，建议KY公司修改内控制度，使不相容职务分离，并且在采购原材料确定价格环节上，增加控制程序，即购买原材料的价格应经价格委员会讨论，并由财务部门分析审查后，报管理层审批，可有效地防止错误和舞弊的发生。
四、会计信息化系统下内部控制存在的主要问题