在中国，凡事都要有个政府主管部门。特许经营项目究竟由那个部门牵头主管，各地的实践和立法不尽相同。
天津市《特许经营管理办法》遵循了这一体例，规定市人民政府授权市建设行政主管部门负责市政公用事业特许经营的组织实施
北京
但北京市《特许经营条例》规定，市发改部门负责本市特许经营的总体规划、综合平衡和协调，行业主管部门或市政府指定的其他机构负责市级项目的具体实施，区县政府或其确定的单位负责区县级项目的具体实施（第六条）。
3、关于获得特许经营权的途径
通过哪种方式选择特许经营者，是招标、招商、招募、私募，还是授予等其他方式，各地的实践很不一致，立法也存在差异。
关于获得特许经营权的形式
获得特许经营的法律形式要件是什么，是特许经营协议，还是特许经营权证书？对此，各地的实践和立法也不一样。
5、关于公示和中期评估
政府是否应在签约前公示特许经营项目招标和拟选经营者的情况，是否应在特许经营期内定期检查和评估项目执行情况，在这一点上，建设部、北京和天津的规定不尽一致。
建设部126号令要求在选定特许经营者前，至少要先公示20天，没有异议方可签署特许经营协议（第八条）。
但无论是北京的《特许经营条例》，还是天津的《特许经营管理办法》，都没有相应的要求。
6、关于与现行基本建设审批程序的协调
北京市《特许经营条例》有一条特别规定，即要求预先制定特许经营“实施方案”，并由发改委牵头组织各有关部门对实施方案进行审查和批准，然后予以实施（第九条）。当项目签约后，已经对实施方案进行过审查和出具过意见的部门不再重复审查（第十四条）。
建设部126号令和天津市《特许经营管理办法》都没有类似规定。
但是《国务院关于投资体制改革的决定》要求彻底改革现行不分投资主体、不分资金来源、不分项目性质，一律按投资规模大小分别由各级政府及有关部门审批的企业投资管理办法。
对于企业不使用政府投资建设的项目，一律不再实行审批制，区别不同情况实行核准制和备案制。其中，政府仅对重大项目和限制类项目从维护社会公共利益角度进行核准，其他项目无论规模大小，均改为备案制。
7、关于特许期期满后延续
建设部126号令规定，特许经营期限届满，主管部门应当按照其规定的程序组织招标，选择特许经营者（第十六条）。天津市《特许经营管理办法》规定，期限届满前一年，市建设行政主管部门应当重新组织招标确定特许经营者。在同等条件下，原特许经营者优先获得特许经营权（第十二条）。北京市《特许经营条例》则规定，期限届满一年前，特许经营者可以申请延期，经评审并报政府批准后可以延期（第十八条）。