无论是建设部的规定，还是两市的规定，都没有考虑到一个重要因素，即特许经营制度在我国刚刚建立和试行，是否始终适合改革和发展，能否被最终确立为长久制度，还有待实践检验。在国际上，为了促进公平竞争和机会均等，特许经营期也有缩短的趋势。所以，有关延期的规定，应当设立前提条件，例如“特许经营期限届满，如果政府决定继续实行特许经营，则……”， 这样政府可以为将来可能出现的变化留有余地。
8、关于价格和补贴
建设部126号令规定，政府有关部门应按照有关法律、法规规定的原则和程序，审定和监管市政公用事业产品和服务价格（第二十二条）。这是一条原则性规定，实际价格的制定需要有更具体和可操作的规则。
市政公用企业通过合法经营获得的合理回报应予保障；若为满足社会公众利益需要，企业的产品和服务定价低于成本，或企业为完成政府公益性目标而承担政府指令性任务，政府应给予相应的补贴。
9、关于政策调整时补偿
在公用事业国有体制的情况下，政策制定人（政府）和企事业经营人（国有公司）是上下级隶属关系，是一家人。对于上级改变政策影响企事业经营收益，都采用内部解决方式，或者挂帐，或者由财政直接补贴，所谓一家人不说两家话。但是，在特许经营体制下，企业无论是国有、民营、外资、合资，都是独立的市场主体，需要独立面对市场风险，不可能像原先国有体制下的企事业那样，不计较政府政策变化造成的利益损失。所以，对因政府政策变化影响到企业利益给予补偿，是符合市场机制的，也是对特许经营项目投资人的合理保护。
10、关于限制抵押和质押
抵押和质押是市场上通用的融资手段。对于特许经营项目，应当允许还是禁止抵押、质押？哪一种融资模式对项目最安全？
建设部126号令(第十八条)和天津市《特许经营管理办法》（第十三条）都做出规定，禁止获得特许经营权的企业擅自转让、出租、质押特许经营权，擅自将所经营的财产进行处置或者抵押，否则主管部门应当依法终止特许经营协议，取消其特许经营权，并可以实施临时接管。
11、关于限制股权转让
北京市《特许经营条例》有一条建设部126号令和天津《特许经营管理办法》都没有考虑到的规定，即特许经营协议可以约定限制项目公司的股权变更（第二十二条）。
12、关于移交
特许期满后，项目公司应当怎样处置项目，是无偿移交给政府，还是像一般公司清算法则规定那样，对公司财产进行清算分割？BOT、TOT、合资、合作等不同商业模式下，移交有何不同？如果没有期满就需要移交或政府收回，即所谓提前终止，应根据什么原则处置项目资产？
建设部126号令规定了特许期限，但没有说明期满后项目资产的处置方式。天津市《特许经营管理办法》规定，特许经营协议终止时双方应当按照特许经营协议依法进行资产清算并办理相关手续（第十五条）。北京《特许经营条例》则要求，除非市政府另有规定，无论是新建项目还是转让项目，期限届满都要无偿移交（第四条）。
13、关于特许费
获得特许经营权的投资人是否需要向政府缴纳特许费，是否有缴纳特许费的法律和经济依据？
北京市《特许经营条例》和天津市《特许经营管理办法》都有关于缴纳特许费的要求。北京规定，特许经营权协议应包含给予特许经营权使用费及其减免的内容（第十二条），特许经营者应按照特许经营权协议的约定缴纳特许经营权使用费，对微利或者享受财政补贴的项目可以约定减免（第二十一条）。天津也规定在特许经营权协议中应包含特许经营权使用费及其减免的内容（第九条）。相反，建设部126号令既无“特许费”的提法，也无相关减免的规定。
反对理由
缴纳特许费可能出自四个误区。
第一，将公用事业特许经营权混同于普通的商业特许权。商业特许权源自特许人自己拥有的知识产权和无形资产，是可以在市场上自由买卖的。而公用事业特许权源自政府的行政权，这一权利来自人民，政府不能拿到市场上去买卖，尤其不能先拿人民的权利卖给特许经营者，再让人民多花钱从特许经营者那里购买因包含了支付给政府特许费而加价的服务或产品。
第二，用特许费替代资产或股权转让费。对已建成的公用事业进行特许经营需要进行资产或股权转让，投资人需按照现行法规，包括公司法、国有资产管理法交付资产或股权受让费，但在现行法律规范规定的转让费之外再设定“特许费”，没有国家法律依据，也完全无必要。
第三，用特许费统揽前期费用。公用事业项目需要许多配套工程和工作，包括三通一平，可研，勘探，初步设计，招投标，聘请专业顾问等，甚至可能包括已经部分完工的工程，政府在前期可能为此支付了大量费用，统称前期工程费或前期工作费。按照国际惯例和国内许多成功项目的实践，这些费用应当由中标投资人承担，只要费用明细合理，是为项目服务的，投资人也乐得并且应当承担，因为如果政府不做这些前期工作，投资人自己也要花钱花时间，甚或花更多的钱和时间去做这些工作。前期费主要依据发票价格确定，不需要评估作价，如果使用特许费代替前期费用，不仅概念混乱，而且反而无据可依。
第四，将价值混同价格。毋庸置疑，特许经营权是有价值的，但有价值不等于有价格，也不等于要实现价格（对价）。政府的各项权利都有价值，是否都要对其标价并实现对价？对政府的权利标价和出售，是寻租行为，不应得到任何立法支持。