（三）转移支付制度不够科学，亟需进行完善
1.一般性转移支付制度不够规范。分税制改革后实行的税收返还是在原体制基数法上演变过来的，对由于历史原因造成的地区间财力分配不均的格局基本没有触动。同样，目前实行的体制补助和上解更是从原来体制延用过来的。这些返还和补助，由中央财政列支拨出返给地方，中央不规定用途，由地方自主安排使用，从性质上讲属于一般性转移支付，但由于其决定因素不是地方标准收入和支出的差额，而是新旧体制衔接过程的既得利益补偿，因此，对均衡地方财力、解决地区间公共服务水平差异的作用并不明显。1995年后虽然采用过渡期转移支付办法，对困难地区增加一些补助，但这部分相对规范的转移支付数量有限，均衡作用不大。
2.中央对地方专项补助（拨款）分配和使用与财政分级管理的原则不相适应。相当部分专款用于地方事权范围和支出，体现中央事权和宏观调控的作用不够。分配的办法也有待进一步规范。
3.中央政府有关部门管理的某些补助地方的资金，如预算内基本建设投资、技术改造、农业开发投资等，还没有统一纳入中央政府对地方的转移支付范畴，与财政转移支付资金的统筹运用存在脱节现象。
4. 专项转移支付比重过高，范围过于宽泛。2014年中央财政一般性转移支付27568.37亿元，专项转移支付18941.12亿元，专项转移支付占转移支付总额的40.73%，几乎涵盖所有预算支出项目，补助对象涉及各行各业，同时，专项资金的分配使用无事权依据，费用分摊标准和专项分配方法缺乏客观性，制度约束不是很严格，容易出现资金使用浪费现象，导致资金使用效益低下。
5.转移支付管理漏洞较多，信息不够公开透明。从专项转移支付来看，专项转移支付资金没有一个统一部门集中管理，参与资金分配部门太多，资金分配比较混乱。而地方政府在申请资金时，目标就是“跑部钱进”，只要能拿到钱，多跑几个部门也无所谓，如此一来，既可能出现重资金、轻项目的倾向，拿了钱不办事；也有可能项目重叠，一个项目多家给钱。从地方政府预算安排来看，由于上级政府在安排专项补助资金时预算管理不透明、资金分配随意性较大，致使下级政府无法全面掌握上级政府安排的专项补助资金的规模和种类，在年初的预算安排中也无法准确将专项补助资金编入收入和支出预算，造成预算不完整。当上级政府的专项补助资金下达后，有的地方以上级政府下达的专项补助资金置换年初预算安排资金，挤占、挪用现象时有发生；有的地方因年初预算未反映上级专项补助，在向人民代表大会的决算报告中也不如实反映上级专项补助收支规模和项目，造成决算编报不真实；有的地方利用预算管理漏洞，多跑多要，要回的资金作为机动财力，用于平衡预算。
（四）省以下分税制没有真正建立，基层政府财政难以为继
省以下政府间经济社会事务管理与财政支出责任划分不清晰、不合理。一方面表现为省级政府过多包揽了市县级政府的财政收入，掌握着交通、农业、环保、文化、教育和城市基础设施等项目的专项资金，而相应的支出却由下级政府负责。由此迫使县级政府“争资跑项”，从掌握项目资金分配的省直部门争取非规范的资助。另一方面下级政府也承担了部分属于上级政府的事务，致使本已相当困难的基层财政雪上加霜。另外，对于各级政府共同承担的公共事务，不能根据各方受益情况和基层财政承受能力来确定合理的分担比例，只是一味要求县级财政予以配套。财力层层上移，事权层层下放，基层政府承担的事权与财力不相匹配，县、乡政府承担大量的民生支出，县、乡财政财力产生巨大缺口，不堪重负，尽管中央财政增加了转移支付，但各种显性、隐性债务增加较多，县、乡财政的事权不断扩大，县、乡财政困难的矛盾开始激化，绝大部分县、乡财政仅仅能够应付“保工资、保运转”的支出，其他方面的支出欠账越来越多，导致基层政府财政难以为继。
（五）“营改增”对分税制的影响
1.影响税种结构。目前，由税务部门负责征收的税种共有16个，其中，中央税的有 2 个税种，即消费税和车辆购置税，属于地方税的有10个税种，营业税、城镇土地使用税、城市维护建设税、房产税、车船税、印花税、耕地占用税、契税、烟叶税、土地增值税，属于中央和地方共享税的有 4 个半税种，即增值税 (中央75% 、地方25%) 、企业所得税(中央60%、地方40%)、个人所得税(中央60%、地方40%)、资源税、印花税中的证券交易印花税由中央与特定地区共享(中央97%、上海、深圳3% )。此外，海关代征的进口货物增值税和进口消费品消费税属于中央政府收入。在地方税各税种中，营业税收入所占比重最大，2011年营业税收入占地方税收收入的33%，“营改增”全面完成后，地方税主体税种营业税将不复存在，地方税将无主体税种，地方税收入骤然下降，中央与地方共享税的收入将大幅增加，拉大了中央与地方收入的差距。
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