2.影响税系结构。“营改增”后大部分企业货物和劳务税负降低，企业盈利能力增强，企业所得税比重会有所上升，其结果是间接税比重将下降，直接税比重将上升。
3.影响收入结构。据统计，2011 年地方营业税收入占地方税收收入(未减出口退税)的33% ，"营改增"后增值税收入比重会大幅上升，营业税收入比重会大幅下降，从而导致地方税权重严重缩水，共享税权重大幅提高。
三、进一步完善分税制财政体制的建议
（一）以法律形式明确划分中央政府和地方政府间的事权和支出责任
采取法律形式明确界定各级政府职能范围、划分中央和地方政府的事权与支出责任。中央政府主要负责国防、外交、重大科研项目、优抚安置、全国性基础设施建设、基础性养老保险、宏观经济管理与调控、食品与药品安全监管、收入再分配等；地方政府主要负责环境保护、科学技术创新、地方补充性养老保险、基础设施建设、基础教育、医疗、社会救济与社会福利等。跨区域经济发展与公共基础设施、防灾抗灾、农业等由中央与地方共同承担，中央承担主要责任。
（二）多措并举，解开“土地财政”症结
1. 完善土地税收体系。一是改革财产税制。可以考虑取消城镇土地使用税，保留契税，改革耕地占用税和土地增值税，开征物业税，以物业税、土地增值税、耕地占用税和契税构成我国的房地产税收体系。二是完善耕地占用税。 耕地占用税以人均耕地占有量来确定的定额税率，税率较低，而征收的范围偏窄，缺乏对土地资源的保护力度。要扩大征收范围，将建设单位和个人占用的林地和草地资源，纳入征税范围，保护耕地的后续资源，调高税率，将税率按距离城市的远近划分档次，距城市近的土地所征收的税率较高，对占用而闲置不用的土地按高税率征收 ，建立一套科学有效的土地征管制度，加强土地占用税的征收管理力度；三是改革土地增值税。将土地增值倍数与占有期综合考虑，对长期持有和短期持有房地产者在税收上加以区别对待，对长期持有房地产者在交易转让时应给予税收优惠，对交易过于频繁且带有明显投机的行为要课以重税。
2.完善土地收益分配制度。一是对“公共利益”范围加以限制。二是完善征收补偿制度。在合理界定“公共利益”范围的基础上，完善征收补偿制度，保障农村集体经济组织及农民能分享土地发展产生的土地增值收益。非公共利益(经营性)用地，采取由用地者与供地者直接交易的方式。经营性用地则由土地市场公平交易决定，严格禁止国家征收权的介入，将现行的对非公共利益(经营性)用地由征收改为市场交易，由用地者与供地者直接进行交易，实行真正意义上的“谈判型交易”。 集体非农建设用地使用权入市流转。在强化用途管制和严格控制总量的前提下，政府可采取将集体所有的建设用地市场化，允许集体直接出售集体建设用地给新的使用者，实行有偿、限期流转，做到“两种产权、一个市场”，统一管理，逐步建立建设用地和农用地相衔接的地价体系。
3.规范土地出让收入分配秩序。严格界定国有土地出让收入的支出范围、设立国有土地收益基金、建立国有土地收益基金投资制度，以保障国有土地收益基金保值增值。
（三）完善一般转移支付制度，严格控制专项转移支付
1.清理整合一般性转移支付。逐步将一般性转移支付中属于中央委托事权或中央地方共同事权的项目转列专项转移支付，属于地方事权的项目归并到均衡性转移支付，建立以均衡性转移支付为主体、以老少边穷地区转移支付为补充并辅以少量体制结算补助的一般性转移支付体系。
