财务会计核算软件是模拟手工会计核算方式进行编程的。其核算方式为：将原始凭证信息转换成相应的编码信息输入电脑制作记账凭证，然后电脑自动登记各类明细账、总账、生成各种财务报表。因此，财务会计电算化只是会计信息载体发生了变化，由纸张转变成新的载体，例如：磁带、硬盘、软盘、光盘等磁介质或光电材料，这些载体上存储的会计信息极易遭受计算机的病毒的破坏和人为的调整，而且不易留下更改的痕迹。
2.法规制度不健全，监督不到位
(1)认证监督机制存在不足
国家财政部自1994年始以来，陆续的出台了《会计电算化管理办法》、《商品化会计核算软件评审规则》等规章，然而因为其缺乏刚性和可操作性，同时检查和处罚措施不足，这就造成了现实中有关会计核算软件的研制、销售、安装、使用等方面缺乏有效的管理。《税收征管法》作为进行税务稽查所依据的最为直接的法律，然而其中也只是规定纳税人的会计软件必须报税务机关备案，而对会计信息系统电子数据的法律效力及税务机关对会计电算化系统检查的权力、责任和纳税人的义务等规定则明显缺乏相应的规定。直到2003年3月颁布的《关于贯彻(中华人民共和国税收征收管理法)及其实施细则若干具体问题的通知》(国税发[2003]47号)才对税务机关进行电算化稽查的权力做出了比较明确的规定，然而47号文件在对纳税人义务和相关惩罚措施的规定方面也还存在着一定的问题，对纳税人的约束力也明显不足。
(2)税务部门对此项管理工作存在一定的缺位
经过多年的发展，会计电算化工作在会计电算化软件的研究与开发方面已取得了一定的成绩。然而，目前审计电算化在税务稽查这个专业领域中的运用还没有跟上这一大趋势。当前的税务稽查应用软件的研发仅仅是刚刚开始，当前还不能满足税收稽查工作的需要，这就使得在现实中对会计核算软件的销售、安装、使用等方面的管理还存在很大的漏洞。
(3)税务检查人员的整体素质存在一定的局限性
会计电算化对税务检查人员的素质提出了更高要求。目前，财务会计核算软件版本繁多，税务稽查的对象也纷繁复杂，稽查人员难掌握、难鉴别，稽查人员又缺乏会计电算化相关软件的有关知识和技能，单凭现有稽查人员及其具备的素质和能力很难对各种财务会计核算软件的编制程序、应用程序是否合法合规做出鉴别并实施电算化稽查。
例如，在实行电算化会计核算的企业，主要使用的会计软件有专用软件和通用软件之分。采用专用会计核算软件的企业，如中国石油、中国保险、银行系统、电信系统等，多年来会计核算软件不断升级，到目前电算化程度非常高。采用通用会计核算软件的企业，为众多有限公司等，主要为用友、金蝶、安易等会计软件，版本不一。就是同一会计软件，也有2007版、2008版、单机版、网络版等之分。况且多数财务软件都允许设置多个“账套”，分别进行加密，各“账套”之间的会计资料可相互传递、取舍。这样相对比较杂乱的现状对税务检查人员的素质提出了很高的要求。
(4)企业内部财务控制的弱化，增加了舞弊的可能性
传统的手工会计核算中多环节分人员来处理，但在财务软件中，上述各步骤业务不同程度地集中于计算机来处理，虽然提高了工作效率，但由于会计凭证流程路径的缩短，削弱了企业内部财务控制，而目前的财务软件上又普遍未充分考虑这方面的控制功能，增加了舞弊产生的可能。在不少的企业内部财务控制弱化的表现为：会计信息失真。有些单位会计核算不真实，资产管理不到位，该进资产的不进资产，该提折旧的不提足，该进费用的从应付款中支付的现象屡有发生。这样，就失去了客观真实的核算基础，从而不能真实全面地反映企业的财务状况和经营成果；不如实反映应计收入和成本。为了避税，个别企业对应计收入的房租、代售微机客票的提成不作收入，挂在往来账上；部分费用的零星开支不进成本，直接从往来账上冲减；给运输企业和主管部门准确核算经营成果和判断企业的生产经营情况带来了难度。而这些行为的发生大大的增加了发生舞弊的可能性。
（五）会计软件的完整性和可用性较差
1.会计电算化未能站在企业管理信息化的高度进行研究
当前在软件开发的过程中，很多企业将更多的注意力放在了软件的会计核算功能上，而对于财务管理以及控制、决策功能则不够重视。财务系统在更多的时候是通过记账凭证输入来开始的，利用计算机来完成记账、算账、报账等工作，而这还局限在财务部门内部。当前，市场上流通的会计核算软件更多的将功能放在了怎样提高财务信息系统的范围内，因此只能做一些诸如事后记账、算账、报账等比较简单的工作，并没有具备事前预测、事中控制、事后分析决策等管理会计功能。
例如，我国数百家会计软件公司虽然不少也在不断翻新版本或转换平台，但过多倾注心血的是形式上的新颖，并没有下太多工夫去提高财务和企业管理的水平。目前流通的会计核算软件大多属于业务信息系统的范畴，只能完成事后记账、算账、报账以及提供初级管理功能，不具有事前预测、事中控制、事后分析决策等财务管理功能。近两年来虽然倡导发展管理型会计软件，但一般只从财务管理的要求出发。
