个人所得税可以选择以个人为纳税单位，也可以选择以家庭为纳税单位。从取得收入的角度看，以个人为纳税单位申报与以家庭为纳税单位申报两者之间并无根本的区别。但是从公平角度来看，以家庭为纳税单位更能体现税收的公平原则。因为以家庭为纳税单位，可以考虑到家庭成员的人数、需要赡养和抚养的人数、家庭成员总体收入情况等，能更好地体现纳税人的综合纳税能力。而以个人为纳税单位，对这些所得进行源泉扣缴时，却难以考虑其实际纳税能力，体现不出税收的公平原则。而从税收影响经济行为角度看，以家庭为纳税单位进行征税带来的影响更广泛，因为家庭是社会的基本细胞，人们的消费、储蓄、投资和财产的转移通常是以家庭为单位进行的，人们的经济行为和社会行为在很大程度上仍是一种家庭行为，因此，对家庭行为的调节必然是调节社会经济的基本点。而以个人为纳税单位，由于家庭之间存在很大的差异，因而不能准确的测量出税收对个人行为的影响。
但是，以家庭为征税单位的缺陷在于：家庭状况的变动直接影响到纳税义务，在综合课征税制模式和分类综合所得税模式下，对于抚养费的扣除变得十分复杂，同时纳税人可以通过把收入转移给家庭其他成员达到减少纳税义务的目的，而且这种复杂的税法降低了征管效率。美国是目前少数继续以家庭为征税单位的国家之一，为了防止纳税人钻税法空子避税，税务部门针对各种避税方式，做出补充规定，使得征税变得更加复杂。
有鉴于此，中国目前最好仍采取以个人为纳税单位，这样可以避免税法过于繁杂，而且有利于征管。如果以家庭为纳税单位，就要求纳税人必须进行自行申报，就我国目前的税收征收环境来说，要求每个人进行自行申报征管成本和遵从成本都无法接收。此外，以家庭纳税单位还要求税务机关和其他管理部门之间保持高度的协作，进行充分的信息共享，才能查实家庭申报的真实性，而从目前的政府信息化程度来看，还没有达到这一要求。如果一味强调家庭为纳税单位的合理性，在家庭申报的运行条件尚不具备的条件下，实行家庭申报，很可能造成税收的大量流失，同时扭曲税收调节作用。
（四）统一全国费用扣除标准
虽然提高个人所得税扣除额已成为社会的普遍共识，但对这个扣除额是否仍然实行全国统一的标准却有不同的看法。有人认为我国幅员辽阔、地区贫富差异较大，如沿海与内地、东部地区与西部地区，收入差距悬殊。那么，制定个人所得税扣除额标准就要因地制宜，反映不同地区的差异，在不同地区实行不同的扣除额标准，或者在中央确定一个统一扣除额标准的前提下，允许各地区根据自己的平均收入和物价指数作相应的调整。从表面上看，这种观点似有道理，但从更深层次分析，个人所得税的扣除额仍要实行全国统一的标准，不应有地区差异。
法律面前人人平等是社会主义法制建设的基本原则，如果个人所得税法规定各地的扣除额可以因地区差异而执行不同的标准，那就会形成同样的收入水平在不同地区有的要纳税，有的不纳税，有的纳税多，有的纳税少，从而造成不同地区公民法律义务的不平等，不利于调节社会矛盾。目前个人所得税归地方政府管理，但在中央政府统一的税收制度下，为了保证法律的统一和严肃性，地方没有个人所得税的立法权，不可能因为地区的差异出台不同的税收政策。如果允许各地对个人所得税实行不同的扣除额，那么在现行的财政体制下，各地就会从自身的利益出发，制定出五花八门的免征标准，而政出多门的结果势必使个人所得税法形同虚设，其统一性和严肃性将会大打折扣。因此，从维护税法的统一性和严肃性出发，做到“法律面前人人平等”，个人所得税扣除额就仍应实行全国统一的标准，在费用扣除上要做到“一视同仁”。
（五）简化税率级次，提高最低税率与降低最高税率并举
西方经济发达国家在税制改革过程中纷纷减少税率等级的理念依据是1996年被授子诺贝尔奖经济学奖的莫里斯和维克里的信息非对称条件下的最优税制理论。从边际效用生理论出发，减少税率等级也是减少税率边际差别层次，避免税收征收过程中纳税人对税率边际效用的选择。
目前我国对工资薪金实行九级超额累进税率，最高税率为45%，与世界各国相比，这一税率偏高。一方面会增强纳税人偷漏税的动机；另一方面由于45%的税率在现实中极少运用，这一税率只起象征性的作用，有其名而无其实，却使税制空背了高税率之名。目前各国的个人所得税制改革都遵循扩大税基，减少累进级距的目标，如美国、英国、巴西的个人所得税率只有1-3档，我国个人所得税改革却是反其道而行之的，由原来个人收入调节税的5级和原个人所得税的7级增加到9级，这既与简化税制的改革方向不相符，也与实际情况相脱离。所以应重新设计个人所得税税率结构，应实行“少档次、低税率”的累进税率模式。本着“照顾低收入者，培育中产阶层，调节高收入者”的原则，在提高个人所得税费用扣除标准的基础上，提高最低税率至10%，将高税率部分的45%向下调降至35%,则可构建一组由10%至35%之间的累进税率。累进税的级次定在5级比较适中。
（六）加强税收征管
1．建立双向申报制度
目前我国个人所得税的征收采取源泉扣缴与自行申报相结合的方式。因此需要建立“双向申报制度”。推行“双向申报制度”可以在纳税人和扣缴义务人之间建立起交叉稽核体系。自行申报纳税是一种理想的征管方式，对政府而言，有利于降低征税成本，培养纳税人的良好的纳税意识；从纳税人角度来看，通过参与纳税，能够更好地维护自身的合法权益。而在当前的征收管理过程中，由于税法只规定五种需要自行纳税申报的情况，加之缺乏相应的监督机制，使得自行申报制度并没有得到广泛应用。而在本次个人所得税改革中，为了配合并立型分类综合所得税模式的实施，加强信息稽核系统的建立，必须扩大和明确自行申报的范围，强化纳税人自行申报的义务。但是为了节约征纳成本，不必要求每一个纳税人都进行自行申报。 与此同时，实行个人所得税自行申报应注意以下几点:简化申报程序，便利纳税人;推行可供纳税人选择的多种申报方式，如邮寄申报、网上申报、电子申报等；以多种形式宣传税收，树立每个公民都应自觉申报纳税的意识并提供优质的税务服务；强化对申报的韦后监督和违规处罚。
2．建立税务号码制度
税务号码制度，即“个人经济身份证”制度。根据世界各国的成功经验，建立纳税人识别号，并在涉税事务中强制使用，是税收征管规范化和监控税源的有效手段。我国在这方面才刚刚起步，有必要在个人所得税法中做出明确规定，并在个人所得税的征管实践中加速推行。可以将居民身份证号码作为个人所得税纳税人的终身税务编码，个人从事各种活动的收入，如出售不动产获得的收益，继承遗产的收益，银行利息收入，工资薪金收入，社会保险收入，福利收入等和个人所有的支出信息，均在此税务号码下进行。结合个人财产登记制，规定个人在存取款，进行债券、股票交易、办理税务登记、申报纳税时均需登记个人的税务号码，这些信息最终将从各个部门和银行、邮局、企业等处汇集到税务机关，税务机关通过计算机网络进行集中处理，方便准确地掌握纳税人的各项收入情况，从而更有效地进行个人所得税的征收管理和其他税种的征收管理上作。尽管这是一项庞大的系统工程，但它的付诸实施，对建立良好的经济秩序具有重大意义。
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