因为绩效管理体系是新事物，在运行和评价时难免会出现一些 问题和错误，这时就需要加强沟通，分析问题和矛盾出现的原因，采取相应的措施进行解决，同时要多总结，避免新的矛盾产生，通过一段时间的磨合，让关键绩效指标体系逐渐趋于稳定。至于考核结果的运用，主要体现在以下几点：
第一，关键绩效指标的目的还是要实现企业的目标，每次考核后都要根据结果分析原因，制定相应的培训和改进计划，从而提高企业人员的能力和素质，通过不断改进，最终达到企业与个人的全面发展，促进企业目标的达成。
第二，完善企业的薪酬管理体系，把员工的薪酬变的有激励性，比如把薪酬分为基本工资 和绩效奖金。奖金的发放将根据绩效考评的结果，完成不了绩效指标值能达到基本工资，这样就可以激发员工的竞争意识，员工的绩效就会提高，从而提高组织的绩效。
第三，薪酬激励是一方面，职位空间的激励也是重要的激励方式，对于超额完成绩效指标的员工，给予升职，放权等激励方式，对于那些完成不了指标的员工就采取降级，调动等负激励措施。在企业内部形成优胜劣汰，人尽其才的良好氛围，以良好的职位晋升制度保留人才，促进企业的长期发展。
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